Ogni villaggio ninja è la forza militare di un paese. Per questo la forza del paese è anche la capacità delle squadre ninja di affrontare e compiere le missioni che vengono richieste. Quindi è di vitale importanza per un villaggio ninja riuscire a compiere tutte le missioni che gli vengono presentate: per un villaggio ancora più grave della mancanza di richieste di missione è l'incapacità eventuale di non riuscire a soddisfarle tutte. Se un villaggio non riesce ad accettare o a completare le missioni commissionate perde di importanza e le missioni seguenti, richieste dai Daimyo o dalle persone comuni, con molta probabilità saranno affidate ad altri villaggi.

-Per una miglior organizzazione le missioni vengono catalogate, fin dal momento in cui vengono richieste, con dei gradi in base alla difficoltà della missione. I gradi sono:

D - Sono le missioni più semplici, come ad esempio la ricerca di informazioni, cose, animali o persone, spesso affidate al gruppo di Neo-Genin del villaggio, che necessitano di sviluppare una maggior esperienza.

C - Sono missioni un pò più difficili che spesso richiedono la protezione di persone da pericoli non troppo gravi. In queste missioni può verificarsi uno scontro con samurai e briganti ma non con altri ninja. Queste missioni sono quelle che spesso svolgono i Genin più esperti e i Chunin.

B - Sono missioni molto difficili e problematiche. Spesso richiedono la protezione di persone da pericoli via via più gravi. Vengono affidate ai Chunin e ai Jonin. In queste missioni può verificarsi uno scontro con ninja Genin o Chunin stranieri.

A - Sono le missioni più difficili affrontate dalle squadre ninja di base. Spesso richiedono la protezione di persone da pericoli via via più gravi. A volte richiedono l'inseguimento di ninja, la cattura o l'uccisione. In queste missioni può verificarsi uno scontro ninja molto forti, tra cui anche Jonin. Per questo sono affidate a squadre composte quasi sempre da Jonin.

S - Sono le missioni più difficili. Sono per lo più affidate alle Squadre Speciali o ai Jonin più esperti. Il contenuto può variare in qualsiasi situazione e l'esito della missione è spesso incerto fino all'ultimo per via delle numerevolii interferenze e delle scarse informazioni.

In generale ogni cliente deve specificare i pericoli e i retroscena per la missione, una mancanza di informazioni può falsare i contenuti della missione, facendo in modo che venga catalogata con un grado più basso. Più una missione è pericolosa e delicata maggiore è il costo in denaro, per questo può capitare che un cliente che non può permettersi di pagare un livello più alto tralasci apposta informazioni importanti. In questi casi la prassi è che il sensei o il capogruppo decida se il gruppo è in grado di completarla o se deve tornare al villaggio e sottoporla nuovamente al giudizio del Kage. Nel caso in cui venga deciso di continuare, il capogruppo deve comunque avvisare il proprio villaggio della variazione del contenuto. Spetta poi al consiglio decidere se inviare dei rinforzi o meno.